Sébastien CROMBEZ 2019-2022 - Hyperspectrale compressive imaging by deep convolutional neural network

Les microscopes à nappe de lumière (SPIM : Selective Plane Illumination Microscopy) ont connu depuis début 2000 un réel essor (Huisken et al. 2004). De nombreuses optimisations et améliorations ont également vu le jour ainsi que des instructions précises permanentant de réaliser son propre microscope à nappe de lumière (openspim.org). Cette méthode d’illumination offre deux avantages principaux : elle permet d’obtenir l’image d’une tranche d’un échantillon en une mesure et de réduire le photoblanchiment de l’échantillon et ainsi de l’observer sur de plus longues durées.

L’enjeu de cette thèse est de développer un microscope à nappe de lumière hyperspectral. Ce système permettra de scanner les trois dimensions spatiales d’un échantillon et de connaître son spectre en longueur d’onde en chaque point de l’échantillon.